Μία από τις σημαντικότερες διαφορές μεταξύ Ελλάδας και Τουρκίας αφορά τα θαλάσσια όρια στο Αιγαίο Πέλαγος. Η Ελλάδα λέει ότι το ζήτημα θα πρέπει να αντιμετωπιστεί βάσει του διεθνούς ναυτικού δικαίου και έχει δηλώσει ότι είναι ανοιχτή στο να παραπέμψει το θέμα σε διεθνή δικαστήρια. Η Τουρκία, η οποία δεν έχει υπογράψει αυτό το πλαίσιο, αμφισβητεί την εφαρμογή του στην υπόθεση.«Η μοίρα μας προόρισε να ζούμε στην ίδια γειτονιά. Δεν μπορούμε να αλλάξουμε τη γεωγραφία, αλλά μπορούμε να την κάνουμε σύμμαχο», ανέφερε χαρακτηριστικά ο Μητσοτάκης μετά τη συνάντηση.
Αυτό ήταν η πρώτο τετ-α-τετ για τους δύο ηγέτες από το 2024, όταν συναντήθηκαν στη Νέα Υόρκη στο περιθώριο της Γενικής Συνέλευσης των Ηνωμένων Εθνών.
Μεταξύ των μακροχρόνιων εντάσεων περιλαμβάνεται και το ζήτημα της Κύπρου, η οποία ουσιαστικά διαιρέθηκε ήδη από το 1963, όταν ξέσπασαν συγκρούσεις μεταξύ των δύο κύριων πληθυσμιακών ομάδων της: των Ελληνοκυπρίων και των Τουρκοκυπρίων. Διαιρέθηκε πλήρως το 1974 μετά την παρέμβαση της Τουρκίας, η οποία κατέλαβε το βόρειο τρίτο του νησιού και δήλωσε ότι σκόπευε να προστατεύσει τη μειονότητα των Τουρκοκυπρίων μετά από ένα πραξικόπημα που υποστηρίχθηκε από την Αθήνα και από υποστηρικτές της ένωσης με την Ελλάδα.
Η Ελλάδα και η Κύπρος υποστηρίζουν τη θέση του ΟΗΕ για την επανένωση του νησιού στη βάση μιας διζωνικής ομοσπονδίας. Η Τουρκία τάσσεται υπέρ μιας λύσης δύο κρατών.
Εκτός από τη συνάντηση των δύο ηγετών στην Άγκυρα, πραγματοποιήθηκαν επίσης συναντήσεις μεταξύ διαφόρων υπουργών από τα δύο έθνη στο πλαίσιο του λεγόμενου Ανώτατου Συμβουλίου Συνεργασίας. Το συμβούλιο, το οποίο συνεδρίασε τελευταία φορά στην Αθήνα το 2023, περιλαμβάνει μια σειρά υπουργικών συναντήσεων όπου οι δύο χώρες υπέγραψαν μια σειρά συμφωνιών που αποσκοπούν στην αύξηση της συνεργασίας σε διάφορους τομείς.